Les commissions de travail sont les structures techniques chargées des études, de la réflexion et d’action.
Elles sont rattachées à un département donné ou au cabinet du CHEIKH. Les commissions de travail permanentes sont créées par la conférence des Imams et les commissions temporaires par le Bureau Exécutif National. Les commissions de travail permanentes sont au nombre de vingt (20) .